Každý operační výkon, tedy i laparoskopický, se může zkomplikovat. Pro tento případ je výborem české chirurgické společnosti JEP stanoveno, že každé pracoviště jednodenní chirurgie musí mít uzavřenu smlouvu s vyšším specializovaným pracovištěm, klinikou, která mu v případě, že ošetřování komplikací přesáhne možnosti jednodenní chirurgie pomůže a pacienta převezme. Zabezpečení pacientů jednodenní chirurgie je naprosto standardní jako v kterémkoliv jiném lůžkovém zařízení a je zajištěno, že je v případě jakýchkoliv komplikací připraveno veškeré technické vybavení a vysoce kvalifikovaný personál pro zajištění případné hospitalizace v rámci nemocnice.